Собираем LAMMPS под CentOS 6.2

Сегодня попробовал свои силы на сборке LAMMPS для системы Linux Red Hat CentOS 6.2. Получилось удачно, пакет я собрал.
Итак, что нам нужно для его сборки.
1) Intel(R) Compiler
2) Intel(R) MKL
3) Intel(R) MPI Library 4.0.*

Для начала нужно скачать пакет FFTW библиотек, к сожалению для LAMMPS нужны не самые новые библиотеки, поэтому качаем fftw-2.1.5 с сайта
http://www.fftw.org/fftw-2.1.5.tar.gz

Установка будет состоять из 3-х шагов:
1) Установка FFTW
2) Установка библиотек для LAMMPS
3) Установка LAMMPS

Итак, по порядку:

1) После разархивирования FFTW заходим внутрь и пишем

./configure CC=mpiicc F77=mpiifort FC=mpiifort --prefix=/usr/local/fftw-2.1.5

затем, после успешной конфигурации начинаем сборку

make
make check
make install

Готово.

2) Разархивировали lammps.tar.gz (http:/lammps.sandia.gov/download.html) и заходим

В файлах /lib/reax/Makefile.ifort и lib/meam/Makefile.ifort меняем
F90 =           ifort
на
F90 =           mpiifort
и собираем в каждой папке командой
make -f Makefile.ifort

Далее в lib/poem/ меняем в файле Makefile.icc строчку
CC =            icc
на
CC =            mpiicc
и собираем командой
make -f Makefile.icc

3) Заходим в src
Проверяем установленные пакеты командой
make package-status
Затем редактируем файл MAKE/Makefile.linux, меняя в нем следующие строки:

Комментируем
#MPI_PATH =
#MPI_LIB = -lmpich -lpthread
Исправляем
CC=mpiicc
LINK=mpiicc
FFT_INC = -I/usr/local/fftw-2.1.5/include -DFFT_FFTW
FFT_PATH = -L/usr/local/fftw-2.1.5/lib
FFT_LIB = -lfftw

Вот и все изменения. После этого собираем сам LAMMPS

make linux                                  -              На выходе файл lmp_linux
make makelib                             -              Делаем Makefile для библиотек
make -f Makefile.lib linux         -              Получаем файл liblmp_linux с библиотеками LAMMPS

Ну вот и все:) Получили работающий файл lmp_linux, который готов для параллельной работы.

Хороший сайт:
http://hpclab.blogspot.com/2010/05/quick-install-guide-for-lammps-on-linux.html